Fluorescentni mikroskopi mogu se podijeliti u dvije vrste prema principu optičkog puta:
1. Fluorescentni mikroskop prijenosa
Stariji fluorescentni mikroskopi koriste reflektore za pobudu fluorescencije prolazeći izvorom pobuđene svjetlosti kroz materijal uzorka. Njegova je prednost snažna fluorescencija pri malim uvećanjima, ali njegov nedostatak je što se njegova fluorescencija smanjuje s povećanjem povećanja. Dakle, pogodan je samo za promatranje većih uzoraka.
2. Pad svjetlosti fluorescentni mikroskop
Svjetlo pobuđenja pada s objektivne leće na površinu uzorka, koristeći isti objektivni objektiv kao i kondenzator osvjetljenja i objektivne leće za prikupljanje fluorescencije.
Dvostruki razdjelnik snopa (dihroično ogledalo) mora biti dodan optičkom putu, koji tvori kut od 45 stupnjeva s optičkom osi. Svjetlo pobuda odražava se u objektivu objektiva i usredotočeno je na uzorak. Fluorescencija generirana uzorom, kao i svjetlost pobude koja se odražava s površine objektivne leće i pokrovnog stakla, istovremeno unesite objektivnu leću i vratite se u razdjelnik dvostruke boje u boji kako biste odvojili svjetlo pobude i fluorescenciju. Zaostalo svjetlo pobude blokira se apsorpcijom filtra. Ako se koriste različite kombinacije filtera pobude, separatora dvostrukih snopa i blokirajućih filtera, oni mogu zadovoljiti potrebe različitih fluorescentnih reakcijskih proizvoda.
Prednosti ovog fluorescentnog mikroskopa su jednolično osvjetljenje polja, bistro snimanje i jača fluorescencija s većim uvećanjem.
3. fazni kontrastni mikroskop
Fazni kontrastni mikroskop je mikroskop koji može pretvoriti faznu razliku (ili optičku razliku staze) nastalu kada svjetlost prolazi kroz objekt u amplitudu (intenzitet svjetlosti). Uglavnom se koristi za promatranje živih stanica, neospornog dijela tkiva ili obojenih uzoraka kojima nedostaje kontrast.
Ljudsko oko može razlikovati samo promjene u valnoj duljini (boja) i amplitudi vidljive svjetlosti, ali ne može razlikovati promjene u fazi. Većina bioloških uzoraka vrlo je prozirna, a amplituda svjetlosnih valova ostaje u osnovi nepromijenjena nakon prolaska, s samo promjenama u fazi.
Fazni kontrastni mikroskop u osnovi pretvara optičku razliku staze vidljive svjetlosti koja prolazi kroz uzorak u amplitudnu razliku, poboljšavajući na taj način kontrast između različitih struktura i čineći ih jasnim i vidljivim. Nakon prolaska kroz uzorak, svjetlo se prolazi refrakcijom, odstupajući od izvornog optičkog puta i odgađa se za 1/4 λ (valna duljina). Ako se razlika optičke staze povećava ili smanjuje za još 1/4 λ, razlika optičke staze postaje 1/2 λ, a smetnja između dviju svjetlosnih zraka povećava se ili smanjuje nakon što se osi kombinira, poboljšavajući kontrast.
