Godine 846. Carl Zeiss otvorio je malu radionicu za proizvodnju preciznih optičkih instrumenata u ulici Neugasse 7 u Jeni.
Godine 1866. prodan je 1000. mikroskop. G. ErnstAbbe pridružuje se tvrtki g. Zeissa i uspostavlja Zeissovu mikroskopsku tehnologiju na znanstvenoj osnovi.
1884-1891: Osnovana je "Schott & Gemossen Glass Works" u Jeni, Carl Zeiss je umro 1888., osnovana je Zaklada Carl Zeiss.
Godine 1900., uz pomoć g. Augusta Köhlera, mala radionica g. Zeissa počela se širiti globalno i, isto tako, postavila čvrste temelje za fluorescentnu mikroskopiju.
Godine 1936., u suradnji s g. Fritsom Zernikeom, predstavljen je prvi fazno-kontrastni mikroskop za analizu živih stanica. Gospodin Frits Zernike dobio je Nobelovu nagradu za fiziku 1953. godine.
1949., Ekonomsko čudo i elektroničko doba: Komercijalizacija transmisijske elektronske mikroskopije u suradnji s AEG Corporation.
Godine 1989. stupanj digitalizacije postaje sve veći, a mikroskop postaje radna stanica za obradu slike. Brzo razvijena softverska tehnologija i digitalna kamera proširili su područje primjene mikroskopa.
Godine 2000. tehnologija kontrole rada pomogla je tehnologiji snimanja, a mikroskop je postao automatizirani sustav za prikaz slike.
