Dvije uporabe mikroskopa:
Biološki mikroskop: općenito govoreći, mikroskopi se mogu podijeliti u dvije kategorije: stereomikroskopi i biološki mikroskopi. Zbog različitih svrha i zahtjeva, pojavile su se mnoge grane, ali osnovni principi ostaju isti. Polarizacija, fazni kontrast, prijenos i pad svjetla i dalje su klasificirani kao biološki mikroskopi.
Stereoskopski mikroskop: Poznat i kao seciranje mikroskopa, čvrsti mikroskop i stereomikroskop, to je mikroskop s mnogim upotrebama. Lako je djelovati, ne zahtijeva visoke standarde za uzorke, ima dugu udaljenost i ima snažan osjećaj trodimenzionalnosti tijekom promatranja. Može promatrati fizičke predmete i izvoditi neke operacije na uzorcima tijekom promatranja. Za razliku od bioloških mikroskopa koji zahtijevaju rezanje uzoraka, rezanje zahtijeva odgovarajuće tehnike i opremu. Stoga stereomikroskopi imaju širok raspon primjena u mikroelektronici, preciznom sklopu i održavanju instrumenata, mikro rezbare i drugim poljima. Široko se koristi u područjima biologije i medicine za anatomske operacije i mikrokirurgije (trenutno klasificiran kao kirurški mikroskopi), njegov izvor svjetlosti može koristiti samo izvore hladne svjetlosti (optičke vlakna) u područjima biologije i medicine; Koristi se u industriji za promatranje, montažu, inspekciju i druge radove malih komponenti i integriranih krugova.
Metalografski mikroskop: Mnogi ga vole pisati kao "zlatni mikroskop". Metalografski mikroskop je mikroskop koji se posebno koristi za promatranje metalografske strukture neprozirnih objekata poput metala i minerala. Ovi neprozirni objekti ne mogu se primijetiti u redovnom prijenosnom mikroskopu, tako da je glavna razlika između njih u tome što prvi koristi reflektirano svjetlo dok drugi koristi prenesenu svjetlost za osvjetljenje. U metalografskom mikroskopu, snop osvjetljenja usmjeren je iz objektivne leće prema površini promatranog objekta, odražava se površinom objekta, a zatim se vraća u objektivni objektiv radi snimanja. Ova reflektirajuća metoda rasvjete također se široko koristi u otkrivanju silikonskih vafera integriranog kruga.
