Svjetlosni i elektronski mikroskopi se međusobno razlikuju. Usporedite varijacije sličnih pojmova.
Optički mikroskop može vidjeti samo specifične stanične strukture, kao što su stanične stijenke, kloroplasti, označeni kromosomi, mitohondriji, jezgre itd., dok elektronski mikroskop može promatrati sve stanične strukture. Pojednostavljeno rečeno, svjetlosni mikroskop može otkriti mikroskopsku strukturu stanice, dok elektronski mikroskop može otkriti njezin submikroskopski sastav.
Povećanje je primarna razlika. Bez obzira na to koliko se zumiranja koristi, optički mikroskopi imaju maksimalno povećanje iznad kojeg ljudsko oko ne može razlikovati. y(min)=0.61*valna duljina / (n*sinu) Maksimum je otprilike 1,5 čak i ako je n*sinu uronjen u ulje, a preostale količine ovise o veličini valne duljine. Stoga je zumiranje uzaludno jer je maksimalno povećanje optičkog mikroskopa oko 1000 puta. Budući da je valna duljina elektronskih zraka koje se koriste u snimanju elektronskim mikroskopom znatno kraća od valne duljine vidljive svjetlosti, oni mogu razlučiti sitne detalje, omogućujući povećanja do nekoliko milijuna.
