Navedene su razlike između svjetlosnih i elektronskih mikroskopa.
Razlika između optičkog mikroskopa i elektronskog mikroskopa je u tome što optički mikroskop može vidjeti samo određene stanične strukture, kao što su stanične stijenke, kloroplasti, obojeni kromosomi, mitohondriji, jezgre itd. male organele. Ukratko, svjetlosni mikroskop može vidjeti mikroskopsku strukturu stanica, a elektronski mikroskop može vidjeti submikroskopsku strukturu.
Glavna razlika je povećanje. Optički mikroskopi imaju ograničenje povećanja i koliko god zum bio, ljudsko oko ga ne može razlikovati. y(min)=0.61*valna duljina)/(n*sinu) —— Čak i ako je n*sinu uronjen u ulje, maksimum je oko 1,5, a ostalo ovisi o veličini valne duljine. Stoga je maksimalni optički mikroskop oko 1000 puta i beskorisno je zumirati. Elektronski mikroskopi koriste elektronske zrake za snimanje, a valna duljina je mnogo manja od one vidljive svjetlosti, tako da je minimalna udaljenost rezolucije y(min) mnogo manji, a mogu se riješiti i sitniji detalji, a povećanje može doseći i nekoliko milijuna.
