Posebne strukture fluorescentnih mikroskopa uključuju:
(1) Sustav filtera boja
Blok filtra u boji važan je dio fluorescentnog mikroskopa, a njegove osnovne komponente sastoje se od prvog filtra barijere za pobudno svjetlo, drugog filtra barijere za emisijsku svjetlost i zrcala za dijeljenje snopa. Modeli filtara u boji i nazivi različitih proizvođača često su nedosljedni.
1. Ekscitacijski svjetlosni filtar i emisijski svjetlosni filtar: Na temelju karakteristika izvora svjetlosti i fluorescentnog pigmenta, sljedeće tri vrste podudaranja obično se odabiru kako bi se osiguralo pobudno svjetlo unutar određenog raspona valnih duljina i omogućilo fluorescenciji koju pobuđuje uzorak da prođe i dođe do okulara za snimanje.
UV ekscitacija: Filter ekscitacijske svjetlosti može dopustiti prolaz UV svjetlosti i blokirati prolazak vidljive svjetlosti iznad 400 nm. Odgovarajući filtar emisije svjetla dopušta prolaz plavom svjetlu, a svjetlo u vidnom polju izgleda plavo, kao kada se primijeni na DAPI bojenje.
Pobuda plave svjetlosti: Filtar pobudne svjetlosti može dopustiti prolaz plavoj svjetlosti i blokirati svjetlost drugih valnih duljina. Odgovarajući filtar emisije svjetla omogućuje prolaz zelenog svjetla, poput GFP markera za bojenje.
Pobuda zelenog svjetla: Filtar pobudnog svjetla dopušta prolaz zelenom svjetlu i blokira svjetlo drugih valnih duljina. Odgovarajući filtar emisije svjetlosti obično propušta crveno svjetlo, kao što je bojanje rodaminom.
2. Poluprozirni i polureflektirajući filtar u boji: Njegova funkcija je potpuno blokirati prolazak pobudne svjetlosti i reflektirati je; I emitiraju svjetlost unutar odgovarajućeg raspona valnih duljina. Njegov model odgovara filtru pobudnog svjetla i filtru zračnog svjetla.
(2) Objektiv i okular
Mogu se primijeniti različite objektivne leće, ali najbolje je odabrati leće s dodanom ljestvicom i smanjenjem kromatske aberacije, budući da je njihova vlastita fluorescencija iznimno niska, a njihov prijenos svjetlosti (raspon valnih duljina) prikladan za fluorescenciju. Zbog činjenice da je fluorescentna svjetlina slike u polju mikroskopa izravno proporcionalna kvadratu omjera otvora blende leće objektiva i obrnuto proporcionalna njegovom povećanju, kako bi se poboljšala svjetlina fluorescentnih slika, treba koristiti leću objektiva s većim omjerom blende. Osobito za uzorke s nedovoljnom fluorescencijom treba koristiti leću objektiva s velikim omjerom otvora blende i visokom propusnošću svjetla, uz okular sa najmanjim mogućim povećanjem.
(3) Ostali optički uređaji
Reflektivni sloj zrcala obično je obložen aluminijem jer aluminij apsorbira manje ultraljubičastog i vidljivog svjetla u plavoljubičastom području, odbijajući preko 90% (dok srebro ima refleksivnost od samo 70%). Općenito se koriste ravna zrcala. Leća za fokusiranje, posebno dizajnirana i proizvedena za fluorescentne mikroskope, izrađena je od kvarcnog stakla ili drugog stakla koje propušta ultraljubičastu svjetlost. Uređaj za padajuće svjetlo, osim što ima funkciju transmisivnog izvora svjetla, pogodniji je za izravno promatranje neprozirnih i poluprozirnih uzoraka, kao što su debele ploče, filterske membrane, bakterijske kolonije, kulture tkiva i drugi uzorci. Posljednjih godina razvijene su mnoge nove vrste fluorescentnih mikroskopa koji koriste uređaj za padajuće svjetlo, poznat kao fluorescentni mikroskop za padajuće svjetlo.
